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日本乙型脑炎病毒属黄病毒属。病毒直径15—22nm,核芯为单股RNA,包以脂蛋白膜,表面有糖蛋白突出物。病毒对常用消毒药均敏感,50℃30分钟可灭活,但对低温和干燥有抵抗。本病毒可在HeLa细胞、Detroit白细胞、猴肾等传代细胞以及小鼠、牛、人等胚胎细胞中繁殖。也可在小鼠、猴、马脑内接种后人工复制发病。