【摘 要】
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本研究基于木本油料植物光皮树叶片转录组数据,利用软件MISA(1.0)对所有Unigene进行SSR搜索、检测和特征分析.结果显示,光皮树叶片转录组36 839条Unigene,有8 945条Unigene含
【机 构】
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中南林业科技大学生命科学与技术学院,长沙,410002;湖南省林业科学院生物能源研究所,长沙, 410004;广东省林业科学研究院,广州,510000;南京大学生命科学学院,南京,210000;重庆市
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本研究基于木本油料植物光皮树叶片转录组数据,利用软件MISA(1.0)对所有Unigene进行SSR搜索、检测和特征分析.结果显示,光皮树叶片转录组36 839条Unigene,有8 945条Unigene含有SSR.一共有SSR位点12 538个,出现频率约为2 514 bp/个.其中完整型和混合型SSR位点个数分别为11 050和1 488,一条Unigene中含有5、4、3、2、1个SSR位点的分别有11、37、199、1 329、8 540条.SSR丰富度依次为二、一、三、四、六、五核苷酸,分别有7 282、3 388、1 675、96、59、38个.SSR共有210种重复基元,从一核苷酸到六核苷酸分别有4、12、60、52、27、55种.其中SSR重复基元的重复次数均在5?44次,重复次数主要集中在4～15次,占94.47％.不同类型SSR重复基元频率最高的4类碱基序列依次为AG/CT、A/T、AT/AT和AC/CT,以二核苷酸为主.通过正交实验,得出SSR-PCR反应体系最佳组合为:退火温度55℃+循环次数34+模板浓度50 ng/μL+引物量0.5 μL.SSR-PCR反应体系优化保证了后续分子标记实验数据的可靠性,为光皮树SSR遗传多样性、表型性状关联等分析提供了依据.
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