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目的
研究云南省目前HIV-1流行株的亚型分布及不同亚型基因序列在不同地区的氨基酸变异特点。
方法收集2012年至2015年云南省14个地市800例HIV感染者或艾滋病患者的血样及流行病学调查信息，采用反转录-PCR的方法扩增HIV-1的5′半分子基因约4.5 kb，序列校对后用Genotyping、MEGA 6.06和BLAST工具软件确定亚型，按照采样地点和亚型对序列进行分组并利用Entropy软件分析不同组别的氨基酸序列差异，分析云南省HIV-1亚型的地区分布特征和基因变异特点。
结果扩增后800例样本共获得12个地市的466条半分子序列，分型后各种亚型所占比例分别为CRF08_BC(58.3%)、CRF01_AE(19.3%)、CRF07_BC(11.6%)、未知重组(7.1%)、B(B′)亚型(1.7%)和C亚型(1.3%)。HIV-1在云南省存在地域分布特征，德宏州、西双版纳和文山州主要以CRF01_AE为主，而临沧、红河州、普洱CRF08_BC占绝对优势(>70%)，其余地州则以CRF08_BC为主，但昆明、玉溪和大理CRF07_BC均>20%。云南省东部地区和西部地区在3种亚型CRF08_BC、CRF01_AE和CRF07_BC上氨基酸序列存在差异，分别存在17、14、18个氨基酸组成有统计学差异的位点(均P<0.05)。
结论HIV-1在云南省范围内的遗传变异过程中，东、西部毒株氨基酸突变位点存在差异，该差异代表了同种亚型在不同的地域分布下其遗传背景差异和免疫选择的结果，应密切监测其流行趋势变化。