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良好的水域生态环境是水生生物赖以生存和繁衍的最基本的条件，是渔业发展的命脉。目前我国渔业水域生态环境不断恶化，渔业水域生态系统的结构与功能正在受到不同程度的影响和破坏。根据全国渔业生态环境监测网2006年的监测结果和近年在渔业水域开展的生态环境养护研究工作，概要分析我国渔业水域生态环境现状、面临的主要问题及养护研究现状，提出中长期内渔业水域生态环境保护领域应围绕渔业水域生态环境质量的诊断与评估技术、渔业污染生态学和环境安全评价技术、清洁养殖与退化水域生态系统修复技术、渔业生态环境质量管理技术等主要研究方向