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芹菜(Apium graveolens)是一种世界范围内重要的叶类蔬菜.目前芹菜的遗传研究需要一些有价值的分子标记.本研究利用GenBank中芹菜3套转录组数据中的高质量reads,通过序列拼接,得到39619个unigenes序列,从中共识别到4034个SSR位点,其中二核苷酸重复类型最为丰富,占43.9％(1772);其次为单核苷酸(26.7％,1078)和三核苷酸类型(21.0％,846);四、五、六核苷酸总计占1.3％(52);其余为复合型(7.1％,286).在设计的375对SSR引物中,有39对在选择的5种不同来源的代表性芹菜材料中被成功验证,产生了清晰而稳定的高质量特异PCR产物.利用荧光标记PCR及多重毛细管电泳技术,在供试的76种芹菜材料中39个位点共检测出110个等位变异,平均每个位点2.821个,变化范围为2～4个;基因型数目变化范围为2～9,平均每个位点为4.308;平均多态信息含量(polymorphism information content,PIC)为0.256,变化范围为0.013～0.581;鉴别力(power of discrimination,PD)变化范围为0.026～0.764,平均为0.379.76种芹菜遗传多样性分析结果显示,本芹和西芹平均等位变异分别为2.641和2.436,Neis指数平均分别为0.347和0.194,Shannons指数平均分别为0.589和0.351,提示本芹的遗传多样性大于西芹.分子方差分析(analysis of molecular variance,AMOVA)结果表明,61.72％的变异来源于芹菜个体内,22.07％的变异来源于西芹和本芹群体内个体间,16.22％的变异来源于两群体间.主成分分析(principal component analysis,PCA)与UPGMA(unweighted pair-group method with arithmetic means)聚类分析结果一致,基本上西芹和本芹可分别聚成不同类群;但相比于西芹,本芹聚类相对离散,提示本芹的遗传变异可能相对丰富.本研究丰富了用于芹菜种质资源遗传多样性分析及分子鉴定的SSR标记,并建立了基于多重毛细管电泳的高效检测体系.