苋菜AtPAL基因密码子偏好性分析

• 作 者: 曾林 黄彬茹 赵春丽 王晓 赖钟雄 刘生财
• 机 构: 福建农林大学园艺学院,福建农林大学园艺植物生物工程研究所
• 出 处: 园艺与种苗
• 发表日期: 2019年4期
• 关键词: 苋菜 AtPAL基因 密码子偏好性 聚类分析
• 基金项目: 福建省自然科学基金项目(2018J01700);福建省省级大学生创新创业训练计划支持项目(201810389093);福建农林大学科技发展资金项目(KFA17353A)

[目的]对苋菜AtPAL基因密码子的偏好性进行分析。[方法]利用codonW、MEGA、Origin、Excel、SPSS等软件及CUSP在线程序,分析了苋菜AtPAL基因密码子使用偏好性,并与菠菜、甜菜、一品红等14个不同物种PAL基因密码子偏好性以及大肠杆菌、酵母菌等5种模式生物基因组密码子偏好性进行对比分析,同时基于不同物种PAL基因密码子偏好性及基因编码区进行聚类分析。[结果]苋菜AtPAL基因表达水平和密码子偏好性均较弱,更偏好使用A/T碱基以及以A/T结尾的密码子;聚类分析结果显示,单双子叶植