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同源盒基因最早在果蝇中发现,以果蝇同源盒序列为探针,在无脊椎动物、脊椎动物和人类中,均发现有同源盒基因,同源盒基因按其在染色体上排列的方式,分为A-P型和非A-P型两类。同源盒基因含有180bp的高度保守序列,对应60个氨基酸,并构成螺旋-转角-螺旋结构的同源结构域,特异性的识别以5-TAAT-3’为核心的10-12bp的DNA序列,作为转录调控因子起作用,同源盒基因在动物胚胎发育,机体成长和衰老