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针对我国即将全面开展并实施的区域生态补偿制度，本文在总结国内外生态服务功能分类的基础上，以促进区域自然环境、社会和经济整体协调、健康地可持续发展的目标为前提，探索整合区域自然生态环境与社会经济发展，实用性和可操作性较强的NSE生态系统服务功能分类体系，并从理论依据和分类原则等方面验证了该分类的科学性，进一步结合生态补偿费的征收实际应用，建立了以NSE生态系统服务功能为基础的生态补偿费核算的数学模型。