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小拟南芥（Arabidopsis pumila）,又名无苞芥（Olimarabidopsis pumila）,为拟南芥的近缘物种。选择合适的内参基因对于提高实时荧光定量PCR（quantitative real-time PCR,qRT-PCR）分析基因表达的准确性至关重要。本研究在分析小拟南芥叶片转录组数据的基础上,筛选了12个表达稳定的候选内参基因,包括肌动蛋白1（actin-1,ACT-1）、α-微管蛋白1（α-tubulin,TUA1）、β-微管蛋白6（β-tubulin,TUB6）、翻译起始因子（translation initiation factor 2,IF2）、延伸因子1-α（elongation factor 1-alpha,EF1-α）、聚泛素14（polyubiquitin 14,UBQ14）、UBQ9、泛素连接酶35（ubiquitin-conjugating enzyme 35,UBC35）、转录起始因子1（transcription initiation factor,HAF1）、FK506结合蛋白62（FK506 binding protein 62,FKBP62）、miR319a和醛脱氢酶（aldehyde dehydrogenase,ALDH）。我们分别利用Norm Finder、Genorm和Bestkeeper软件分析了这12个基因在dH2O、NaCl处理下及小拟南芥不同组织中的表达稳定性。研究表明,在dH2O处理条件下表达稳定的基因为TUB6和FKBP62,在Na Cl处理条件下为EF1-α和IF2,在组织器官中为HAF1,这些基因适合作为相应试验条件下小拟南芥的内参基因。本研究为小拟南芥基因表达分析提供了可靠的内参基因,具有重要的参考价值。