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针对现有制造系统中协作计划、生产计划和调度方案不能同步制定的问题，考虑在供应链环境下有协作的计划与调度，构建了一种多目标集成协作计划与调度优化模型。提出一种基于Pareto最优的多目标优化算法，设计了包含协作染色体的基于作业的集成编码方案，通过惩罚操作实现协作计划与生产计划的同步协调。考虑供应链协调中常见的完工时问、总成本、总拖期时间、平均流经时间四个性能指标对模型进行整体优化。通过仿真实验验证了模型及其算法的有效性。