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目的揭示多花黄精遗传多样性及地理分布特征。方法采用ISSR分子标记技术,对来自浙江、安徽、江西、福建、湖南、湖北6省20个种源118株多花黄精进行综合分析。结果 16条引物共扩增出130条清晰条带,其中多态性条带123条,平均多态百分率（PPL）为94.62%,种源内遗传多样性在33.85%～60.00%,平均Nei’s基因多样度（He）为0.1838,Shannon信息指数（I）为0.267 4,遗传分化系数(Gst)为0.529 3。UPGMA聚类分析显示,同一种源的种质基本上聚在一起,说明种源间的遗传分化大于种源内不同个体间的基因遗传分化;在遗传相似系数值等于0.61时可将118份种质聚为武夷山脉、武陵山脉和罗霄山脉、大别山脉、洞宫山脉和天目山脉4类。结论多花黄精具有丰富的遗传多样性,遗传变异与山脉密切相关,山脉之间的平原、水域隔离可能是导致群体间遗传分化的主要原因之一。研究结果对黄精种质资源保护、品种选育具有重要的理论价值与现实意义。