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介绍了中药方剂药物配伍网络构建程序使用MPI实现并行化的方法，以及该并行程序在曙光TC2600系统下运行和测试的情况。测试结果显示，使用并行计算的方法在高性能计算环境下可以有效地处理在普通机器上无法处理的较大数量的数据和较为复杂的计算问题。当数据量较大时，采用数据分割的方法进行MPI并行编程是一种行之有效的并行方法。在数据量较大的情况下使用较多数量的CPU参与并行可以明显地提高计算速度。测试结果显示，并行计算的方法和高性能计算技术可以应用于中医药数据挖掘领域，并且可以显著地提高该领域的研究水平。