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通过远缘杂交可以打破不良性状连锁，实现优良性状相结合。从转菰后代看，变异非常丰富，并出现在常规育种中较难得到的几种优良性状之间的连锁遗传现象，如矮秆与多穗、多穗与大穗、大穗与高结实率、大粒和高饱满度、矮秆与多穗和大穗之间、大穗与大粒之间、大穗与大粒及高结实率和高饱满度等性状之间连锁。如果将菰基因再次导人转菰基因后代材料中，同时通过不同方法再将其它外源植物基因导入，在激活原已沉默的菰基因基础上，将创制变异更加丰富的水稻育种材料。