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2000年
9月，方舟子揭露“基因皇后”陈晓宁的身份背景，及有关“基因库”夸大宣传的骗局。方舟子发文《再揭“抗癌专家”王振国》，揭露其对于“天仙液”抗癌作用和疗效的不实宣传。
2004年
年10月，民办高校西安翻译学院对外宣称该校被“美国50州高等教育联盟”授予中国最受尊敬大学第10名，校长丁祖诒被授予中国最受尊敬的校长第2名，但方舟子揭露其颁奖机构为草台班子，发布获奖信息为广告。为此，丁祖诒将方舟子告上法庭，由此引起全国媒体及大众关注，并引发社会广泛讨论。
2004年
年3月3日，一篇新闻报道开始在全国各大高校的论坛上流传，南京大学物理系本科生朱涵在大三、大四两年期间，一共发表了八篇SCI论文，GRE考试满分，由于成绩出色，已经被包括斯坦福大学、普林斯顿大学在内的近十所美国著名高校研究生院录取。
随后方舟子揭发指出，朱涵在南京大学没有导师，但是在家里有导师，就是他的父亲，北京师范大学物理系教授朱建阳。检索到的六篇由朱涵署名的SCI论文，通讯作者全是朱涵的父亲朱建阳。而朱涵在申请美国大学时，没有说明其论文通讯作者就是他父亲。因此认定其中必有什么“见不得人的地方”。
2005年
年9月，中国科学院发表《关于公布2005年院士增选初步候选人名单的公告》后，方舟子指责院士候选人肖传国存在“脚踏两只船”、“用会议摘要冒充论文”，“履历造假”等学术不端行为。该文被《北京科技报》刊发后，搜狐网站予以转载。肖传国就此提起诉讼，将方舟子以及牵扯其中的《北京科技报》、《北京青年报》、搜狐网、中国协和医科大学出版社等诉至法院。
2007年
年3月，方舟子收到的一封中学生的来信引起了他对蒙牛特仑苏的兴趣。他随后查阅了国内外的相关科技文献指出，蒙牛“造骨牛奶蛋白(OMP)”是一种在学界研究多年的另一种蛋白，只不过被蒙牛改了名字，而这种蛋白并不存在蒙牛在宣传中所称的促使骨骼增强的作用。
2010年
年7月，方舟子发了一条微博：“某周刊吹完‘少林隐僧’，就吹‘神仙’李一，道长李一的皈依弟子超过3万，一半在商界，而在另一半中，政界、演艺界、学界的精英亦不乏其人。”这则微博将李一推上了风口浪尖，方舟子还言之凿凿称这些人诈骗、瞒天过海的技术过硬，背后肯定还能牵出
大批人来。
年7月，方舟子通过微博指出，对“打工皇帝”唐骏在《我的成功可以复制》一书中透露的其个人学位、求学及工作经历，提出了多个质疑，并出示了部分查证证据，提出“唐骏的‘加州理工学院博士学位’是假的，是不是也要大家跟着复制如何造假?”
对于唐骏在书中称自己曾获得的“大头贴照相机”和“卡拉OK打分”专利，方舟子称经过查证，都有专利的拥有者，而均非唐骏所有。而对于唐骏自称在美国办了“美国第一移民律师事务所”，开业5个月在洛杉矶的移民咨询业中排到第位，他是该事务所的惟一律师；方舟子质疑：“唐骏没有任何法律学位，也没有美国法律知识(自称一边啃法律书一边接案)，有何资格在美国当律师替人办案?他说不敢见客户怕露馅，就不怕见移民官露馅?”
2011年
年1月，方舟子举报上海大学著名学者朱学勤抄袭，复旦大学学术规范委员会对朱学勤学术抄袭展开了调查。1月13日，复旦大学学术规范委员会公布了调查结果，认为指控不成立。方舟子于是在博客上连发两篇博文，认为复旦大学“袒护”朱学勤，应重启调查朱学勤抄袭案。
9月，方舟子揭露“基因皇后”陈晓宁的身份背景，及有关“基因库”夸大宣传的骗局。方舟子发文《再揭“抗癌专家”王振国》，揭露其对于“天仙液”抗癌作用和疗效的不实宣传。
2004年
年10月，民办高校西安翻译学院对外宣称该校被“美国50州高等教育联盟”授予中国最受尊敬大学第10名，校长丁祖诒被授予中国最受尊敬的校长第2名，但方舟子揭露其颁奖机构为草台班子，发布获奖信息为广告。为此，丁祖诒将方舟子告上法庭，由此引起全国媒体及大众关注，并引发社会广泛讨论。
2004年
年3月3日，一篇新闻报道开始在全国各大高校的论坛上流传，南京大学物理系本科生朱涵在大三、大四两年期间，一共发表了八篇SCI论文，GRE考试满分，由于成绩出色，已经被包括斯坦福大学、普林斯顿大学在内的近十所美国著名高校研究生院录取。
随后方舟子揭发指出，朱涵在南京大学没有导师，但是在家里有导师，就是他的父亲，北京师范大学物理系教授朱建阳。检索到的六篇由朱涵署名的SCI论文，通讯作者全是朱涵的父亲朱建阳。而朱涵在申请美国大学时，没有说明其论文通讯作者就是他父亲。因此认定其中必有什么“见不得人的地方”。
2005年
年9月，中国科学院发表《关于公布2005年院士增选初步候选人名单的公告》后，方舟子指责院士候选人肖传国存在“脚踏两只船”、“用会议摘要冒充论文”，“履历造假”等学术不端行为。该文被《北京科技报》刊发后，搜狐网站予以转载。肖传国就此提起诉讼，将方舟子以及牵扯其中的《北京科技报》、《北京青年报》、搜狐网、中国协和医科大学出版社等诉至法院。
2007年
年3月，方舟子收到的一封中学生的来信引起了他对蒙牛特仑苏的兴趣。他随后查阅了国内外的相关科技文献指出，蒙牛“造骨牛奶蛋白(OMP)”是一种在学界研究多年的另一种蛋白，只不过被蒙牛改了名字，而这种蛋白并不存在蒙牛在宣传中所称的促使骨骼增强的作用。
2010年
年7月，方舟子发了一条微博：“某周刊吹完‘少林隐僧’，就吹‘神仙’李一，道长李一的皈依弟子超过3万，一半在商界，而在另一半中，政界、演艺界、学界的精英亦不乏其人。”这则微博将李一推上了风口浪尖，方舟子还言之凿凿称这些人诈骗、瞒天过海的技术过硬，背后肯定还能牵出
大批人来。
年7月，方舟子通过微博指出，对“打工皇帝”唐骏在《我的成功可以复制》一书中透露的其个人学位、求学及工作经历，提出了多个质疑，并出示了部分查证证据，提出“唐骏的‘加州理工学院博士学位’是假的，是不是也要大家跟着复制如何造假?”
对于唐骏在书中称自己曾获得的“大头贴照相机”和“卡拉OK打分”专利，方舟子称经过查证，都有专利的拥有者，而均非唐骏所有。而对于唐骏自称在美国办了“美国第一移民律师事务所”，开业5个月在洛杉矶的移民咨询业中排到第位，他是该事务所的惟一律师；方舟子质疑：“唐骏没有任何法律学位，也没有美国法律知识(自称一边啃法律书一边接案)，有何资格在美国当律师替人办案?他说不敢见客户怕露馅，就不怕见移民官露馅?”
2011年
年1月，方舟子举报上海大学著名学者朱学勤抄袭，复旦大学学术规范委员会对朱学勤学术抄袭展开了调查。1月13日，复旦大学学术规范委员会公布了调查结果，认为指控不成立。方舟子于是在博客上连发两篇博文，认为复旦大学“袒护”朱学勤，应重启调查朱学勤抄袭案。