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随着分子标记技术与传统育种技术的结合,可在育种早期对植株进行基因型的鉴定,从而快速有效地开展育种工作.DNA分子标记技术在茶树研究领域的应用越来越多,在茶树育种中运用到的分子标记技术主要有ISSR、RAPD、AFLP、SSR、SNP、EST等.其中ISSR是一种基于微卫星序列发展起来的新的分子标记,具有简便、稳定、DNA多态性高等优点.阐述了ISSR分子标记的原理及程序,介绍了其在茶树育种研究中的应用情况,主要包括种质鉴定以及种质在遗传过程中的稳定性鉴定、亲缘关系鉴定、遗传多样性分析、指纹图谱构建等.