应用优化的隐马尔可夫模型预测蛋白质二级结构

• 作 者: 石鸥燕 杨惠云 杨晶 田心
• 机 构: 天津医科大学生物医学工程系,天津医科大学基础医学院
• 出 处: 高技术通讯
• 发表日期: 2008年7期
• 关键词: 蛋白质二级结构预测 隐马尔可夫模型(HMM) 7-状态 15-状态 protein secondary structure prediction hidden
• 基金项目: 国家自然科学基金（30770545）资助项目.

针对3-状态隐马尔可夫模型（HMM）预测蛋白质二级结构准确率不高的问题，提出了7-状态和15-状态HMM。研究对象为CB513数据集合中筛选出的492条蛋白质序列，将其随机均分7组。分别应用7-状态和15-状态HMM对以上数据集进行二级结构预测，对预测准确率进行了7-交叉验证，并将预测结果与应用3-状态HMM的预测结果进行了比较。结果表明，应用7-状态HMM，Q，准确率提高3．11％，SOV提高6．15％，QE提高6．49％；应用15-状态HMM，QF比7-状态HMM又提高5．74％。在15-状态HMM预