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现代古生物学和地层学国家重点实验室于2001年由国家科技部批准建设,其前身是1989年中国科学院批准成立的现代古生物学和地层学开放研究实验室,依托单位为中国科学院南京地质古生物研究所。这是目前我国唯一的古生物学和地层学国家重点实验室,主要研究地质历史时期生命的起源和演化过程及其环境背景等。在2015年国家科技部对地球科学领域的46个国家重点实验室进行的评估中被评为优秀,这是自实验室成立以来连续第四次被评为优秀(A类)重点实验室。