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通过粪菌移植可以调节肠道菌群的组成,已成为降低肠道菌群抗药性的方法之一,而筛选合适的粪菌移植供体尤为重要。本研究利用16SrRNA基因高通量测序技术分析了两种候选供体SPF鸡和商品蛋鸡在不同养殖模式下5个不同日龄粪便菌群的组成,并利用药物敏感性试验比较了粪便中大肠杆菌的抗药性水平。结果表明,两种蛋鸡粪便菌群的丰富度都表现出随日龄增加而增加的趋势,其中商品蛋鸡粪便菌群的种类更加丰富,而SPF鸡粪便菌群的组成更加均一。在门水平上,SPF鸡拥有更多的厚壁菌门细菌,而商品蛋鸡含有更多的变形菌门、拟杆菌门和放线菌门