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概述了农业科研事业单位财务内部控制现状,总结了内部控制运行普遍存在的问题.针对现状与问题,提出农业科研事业单位应强化风险分析评估、强化预算管理职责、加强学习宣传培训等内部控制措施,并在此基础上,探索间接成本补偿机制、绩效考核评价机制、科研经费管理奖惩机制、建立信息披露制度,增加科研人员的创新动力以提高绩效.