目的 通过候选基因SIM2上功能性单核苷酸多态性(SNP)位点的筛查,探索SIM2与中国汉族人群先天性脊柱侧凸(CS)及其不同临床表型之间的关联.方法 采用病例一对照研究:127例中国汉族CS患者;127例对照为性别、年龄、民族与病例相匹配的非脊柱侧凸患者.用QIAampDNABlood Mini Kit法提取外周血样本的全基因组DNA,根据国际人类基因组单体型图计划提供的基因型数据,选取SIM2的主要功能SNPs.根据椎体畸形特点、畸形部位、畸形受累程度、有无合并肋骨畸形和椎管内畸形将病例组进一步分为不同临床表型.对所有样本应用SNPstreamUHT Genotyping系统对所选SNP位点进行基因型鉴定;进一步进行基于基因型/等位基因频率的关联分析,并用Haploview 4.1软件分析对照组SNP位点间是否存在连锁不平衡.结果 共筛选SNP1(rs2073601)、SNP2(rs2073417)和SNP3(rs2051397)3个位点,病例/对照组中等位基因频率分别为:SNP1A=13(5%)/15(6%)、SNP1C=241(95%)/239(94%),SNP2A=49(19%)/44(17%)、SNP2G=205(81%)/210(83%),SNP3C=68(27%)/58(23%)、SNP3T=186(73%)/196(77%);基因型频率分别为:SNP1AC=13(10%)/15(12%)、SNP1CC=114(90%)/112(88%),SNP2AG=49(39%)/44(35%)、SNP2GG=78(61%)/83(65%),SNP3CC=10(8%)/5(4%)、SNP3CT=48(38%)/48(38%)、SNP3TT=69(54%)/74(58%),差异均无统计学意义(均P＞0.05).SNP2和SNP3间存在连锁不平衡,但单倍体型关联分析未见阳性结果.进一步与CS临床表型的关联分析中没有发现阳性位点.结论 在中国汉族人群中,SIM2基因遗传变异可能不是引起CS及其不同临床表型的主要因素,有待于进一步研究。
中国汉族人群SIM2基因多态性与先天性脊柱侧凸遗传易感性的关联研究
【摘 要】
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目的 通过候选基因SIM2上功能性单核苷酸多态性(SNP)位点的筛查,探索SIM2与中国汉族人群先天性脊柱侧凸(CS)及其不同临床表型之间的关联.方法 采用病例一对照研究:127例中国汉族CS患者;127例对照为性别、年龄、民族与病例相匹配的非脊柱侧凸患者.用QIAampDNABlood Mini Kit法提取外周血样本的全基因组DNA,根据国际人类基因组单体型图计划提供的基因型数据,选取SIM2
【机 构】
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100050,首都医科大学附属北京友谊医院骨科,中国医学科学院北京协和医院骨科,中国医学科学院北京协和医院骨科,中国医学科学院北京协和医院骨科,中国医学科学院北京协和医院骨科,中国医学科学院北京协和医
【出 处】
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中华医学杂志
【发表日期】
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2009年89期
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