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Fas系统介导的肝细胞凋亡是由肝细胞表面Fas与其配体结合而启动的。不同肝脏疾病的病理损伤过程因肝细胞凋亡而不同。肝细胞感染肝炎病毒后，Fas表达水平增高，通过CTL活化Fas系统清除靶细胞，清除的速度和程度与肝脏病理损伤程度及临床表现密切相关。Fas系统介导的凋亡也是导致酒精性肝病免疫病理损伤的重要机制，不同于病毒性肝炎的是酒精性肝病的凋亡过程不依赖于CTL的激活。可溶性Fas可能具有阻断Fas介导凋亡，稳定肝移植排斥反应的作用。发生变异的肝细胞对Fas系统介导凋亡不敏感，使异常肝细胞不断增殖最终导致肝癌。