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[目的]评价我国2015年各省医药制造业创新效率,以发现制约行业创新效率发展的原因,为提高行业发展水平提供依据。[方法]采用数据包络分析三阶段模型（DEA）,在传统DEA基础上采用SFA回归模型剔除环境因素及随机变量造成的影响,使得到的效率值更加准确。[结果与结论]我国各省创新效率差异较大,应在实行相关政策投入时注重均衡发展,以促进医药制造业创新效率的全面提升。