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1989年
1月1日：上海市人民检察院为加强自侦工作而设立的驻广州工作站正式开始工作。
4月：“上海反贪污反受贿展览”隆重举行，中共上海市委书记江泽民同志为展览题词。
11月1日：零点过后，上海市检察机关出动200多名干警，对负隅顽抗拒不在最高人民法院、最高人民检察院发布的《关于贪污、受贿、投机倒把等犯罪分子必须在期限内自首坦白的通告》规定的期限内投案自首的贪污受贿人员采取集中行动。
11月23日：上海市人民检察院召开新闻发布会，11月1日以来，全市检察机关对负隅顽抗的贪污、贿赂犯罪人员采取果断措施，拘捕260余人；对在最高人民法院、最高人民检察院发布的《关于贪污、受贿、投机倒把等犯罪分子必须在期限内自首坦白的通告》期限内自首者予以从宽处理，免予起诉40人；对超过期限自首的24人适当予以从宽处理。
1990年
编著《税法与你》：上海市人民检察院与上海市税务局联合编著的《税法与你》出版，成为了广泛使用的个体工商业者税法教育读本。
5月5日～5月8日：上海、江苏、浙江、安徽三省一市人民检察院反贪部门在安徽省黄山市召开侦查协作会议，会议通过《沪苏浙皖检察机关加强贪污贿赂案件侦查协作的若干规定（试行）》，并形成《沪苏浙皖检察机关第一次贪污贿赂案件侦查协作会议纪要》。
12月26日：上海市人民检察院、上海市税务局联合召开新闻发布会，1990年上海各级检察机关查处偷税抗税案件的成果：共立案侦查涉税犯罪案件422件455人，追缴税款1600余万元。
1991年
5月4日：上海市人民检察院和上海市人民检察院分院召开全体干部大会，动员并部署《检察官条例（草案）》试点工作。
5月：上海市人民检察院举办“来自反贪肃贿第一线的报告展览会”，中共上海市委书记吴邦国等领导前来参观。
5月8日～6月24日：上海市人民检察院举办题为“来自反贪肃贿第一线的报告”展览会，展示上海检察机关举报工作开展三年来的成绩。
12月19日：上海市人民代表大会常委会批准设置上海市青东农场区人民检察院。
1992年
1月5日：上海市人民检察院主辦的《上海检察》创刊号出版。最高人民检察院检察长刘复之、中共上海市委书记吴邦国、上海市人民检察院检察长石祝三分别为创刊号题词。《上海检察》创刊之始为双月刊，内部发行。1993年1月《上海检察》更名为《检察风云》，由内部发行改为向社会公开发行，并由双月刊改为月刊。《检察风云》杂志为全国省市级检察院主办的首份公开发行的综合性月刊。
8月：上海市首个集未成年人刑事案件审查逮捕、审查起诉、犯罪预防等检察工作于一体的“未成年人刑事检察科”在虹口区人民检察院成立，未成年人刑事检察工作从此有了独立的建制机构。
1993年
2月21日：上海市第十届人民代表大会第一次会议选举倪鸿福为上海市人民检察院检察长。3月10日：第七届全国人民代表大会常务委员会第三十一次会议批准任命倪鸿福为市人民检察院检察长。
6月3日：上海市浦东新区人民检察院举行挂牌仪式。
1994年
5月10日：上海市人民检察院和上海市检察学会联合召开金属期货交易市场中经济犯罪研讨会。
8月12日：经中共上海市委、上海市人民政府批准，位于上海市建国西路648号的上海市人民检察院办公大楼原址重建。上海市人民检察院迁至上海市仙霞路780弄2号威宁大楼办公。
10月22日：上海市人民检察院税检部门部署打击虚开代开发票的涉税犯罪专项斗争。
1995年
1月10～12日：最高人民检察院在上海市人民检察院召开省级院计算机信息管理系统鉴定会，上海市检察院与华东计算机研究所共同开发的上海市检察院计算机信息管理系统（简称APPMIs）经专家鉴定获得通过，并交付使用。最高人民检察院将该系统确定为全国省级院计算机信息管理应用开发的模式。
6月30日：上海市人民检察院第一、第二分院成立，原上海市人民检察院分院同时撤销。当日，在上海市人民检察院第二分院新址（昌化路1169号）举行上海市人民检察院第一、第二分院挂牌仪式。
10月7日：上海市人民检察院在建国西路648号新办公大楼工地举行施工奠基仪式。
12月：上海市人民检察院反贪污贿赂局成立，原检察长石祝三等领导揭牌。
1996年
6月4日：时任上海市人大常委会副主任孙贵璋、漆世贵及市人大法制、人事、财经、城建等委员会的领导到市检察院检查“严打”工作。
7月2日：上海市徐汇区人民检察院在全市率先按新刑法规定出庭，对被告人王飞、汪小蒙抢劫、妨碍公务一案开庭。
12月6日～16日：召开上海市检察官协会及上海女检察官协会成立大会。
1997年
2月20日：本市各级检察机关全体干警认真学习《告全党全军全国各族人民书》，缅怀邓小平同志的丰功伟绩，对邓小平同志的不幸逝世表示深切哀悼。
6月12日市院发出通知，要求各级检察机关批捕部门通过发挥检察职能作用，积极协同公安机关开展以“打‘两拦’、扫‘六害’、治顽症、严防范”为主要内容的严打“夏季战役”，切实加强维护社会稳定工作。
9月8日：上海市人民检察院建国西路648号办公大楼落成。
1998年
3月1日市院召开部署教育整顿工作大会，传达江泽民总书记对政法工作的重要批示和高检院《关于开展集中教育整顿的通知》，部署在全市检察机关从3月上旬起集中一段时间开展教育整顿工作。
5月20日：上海虹口警方破获新中国成立以来本市最大一起涉毒案件，抓获案件人员24人，缴获海洛因83.58公斤。批捕科迅速组织八名干部集中办理，15名犯罪嫌疑人被报捕。当天即作出批捕决定。
8月7日：上海市人民检察院召开区县院、分院检察长会议，传达贯彻并部署检察机关不再从事经商活动的工作。
1999年
1月12日：上海市人民检察院成立“解决计算机2000年问题”领导小组，下设由技术处和行装处组成的工作小组，对一、二分院和各区县院现有计算机系统解决计算机2000年问题进行指导和督促检查。市院召开了会议，传达了上级有关精神，明确规定分院、各区县院分管技术工作的检察长任本院的计算机2000年问题责任人，并签订责任书。
6月：上海市检察机关首次开展检察业务专家评审工作。
7月21日：上海市人民检察院召开市院和一、二分院处级以上党员干部会议，会上传达《江泽民同志给中央政治局常委及其他有关领导同志的信》《江泽民同志在中央政治局会议上关于抓紧处理和解决“法轮功”问题的讲话》《江泽民同志给中央政治局、书记处和军委诸同志的批示》；胡锦涛同志《在省、自治区、直辖市党委负责同志会议上的讲话》和中共中央13号文件《中共中央关于共产党员不准修炼“法轮大法”的通知》。
8月9日：上海市人民检察院召开党组会，研究确定了《上海市检察机关主诉制改革实施方案的报告》，并调整了检察官协会及女检察官协会主要领导。