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影响入库捺印指纹质量的主要问题是捺印指纹质量低劣、虚假和错误人员信息大量入库。捺印指纹质量存在问题的原因是部分办案民警不能熟练掌握捺印指纹采集的方法和技巧，对捺印指纹采集入库工作重视程度不够，措施是加大宣传和培训力度、建立科学合理的考核机制和建立实时质量监控体系。人员信息质量存在问题的原因是办案民警未查清人员身份真实信息，错录人员信息、考核制度和倒查机制还存在漏洞，对策是建立指纹信息与人员信息关联制度及建立信息变更维护机制。