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人工神经网络方法是迄今为止在蛋白质二级结构中预测精度最高的一种方法，而网络输入编码的方式时预测精度影响较大。在简介人工神经网络预测蛋白质二级结构方法的基础上，综述了常用的正交编码，五位编码，基于氨基酸理化性质的编码，基于profile的编码，基于常见的分矩阵的编码，基于密码子的编码等几种编码方法，对其作了简要的评价，并展望了编码的发展前景。