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以广佛肇经济圈为研究对象，运用随机前沿函数分析方法，测算并分析了广州、佛山和肇庆三个城市区域创新效率的空间差异及其影响因素。实证结果表明，广佛肇经济圈内区域创新效率差异明显，广州、佛山两市的区域创新效率要高于肇庆市，区域研发人员投入对创新效率的推动作用大于研发经费投入的推动作用；同时，区域产权结构、区域基础设施、政府对创新的支持力度和区域对外开放度这四个因素对区域创新效率具有正的影响，而区域产业结构与区域创新效率则存在负相关关系。