【摘 要】
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目的 采用整合的生物信息学方法筛选与甲状腺乳头状癌(PTC)发生发展相关的关键基因,并揭示其潜在的分子机制.方法 从GEO数据库中选取PTC基因表达数据集GSE3678、GSE60542、GSE6004和GSE53157,利用R软件Limma包及RRA包获取整合的差异基因(DEGs),对差异基因进行GO功能分析及KEGG通路富集分析.使用STRING建立蛋白互作用网络并使用Cytoscape选出关键基因,建立互作模块.结果 共筛选出412个DEGs,包括209个表达上调和203个表达下调基因.GO功能注释
【机 构】
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河北医科大学研究生学院,石家庄050000;河北省人民医院腺体外科;河北省人民医院腺体外科
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目的 采用整合的生物信息学方法筛选与甲状腺乳头状癌(PTC)发生发展相关的关键基因,并揭示其潜在的分子机制.方法 从GEO数据库中选取PTC基因表达数据集GSE3678、GSE60542、GSE6004和GSE53157,利用R软件Limma包及RRA包获取整合的差异基因(DEGs),对差异基因进行GO功能分析及KEGG通路富集分析.使用STRING建立蛋白互作用网络并使用Cytoscape选出关键基因,建立互作模块.结果 共筛选出412个DEGs,包括209个表达上调和203个表达下调基因.GO功能注释结果显示,上调基因主要参与基因表达的正调控,细胞外外泌体和钙离子结合.下调基因主要涉及信号转导、膜的组成部分、钙离子结合.KEGG通路分析结果显示,DEGs主要涉及癌症的途径、PI3K-Akt信号转导通路、癌症中的蛋白多糖、黏着斑、ECM受体相互作用.蛋白质互作网络筛选出10个核心基因:FN1、CDH2、APOE、TIMP1、CCND1、SERPINA1、MET、LPL、RUNX2、ITGA2.模块分析提示PTC的发生发展可能与ECM受体相互作用、癌症的途径有关.结论 筛选所得的10个关键基因可能在PTC发生发展中发挥重要作用,抑制ECM受体相互作用、癌症的途径通路可能是治疗PTC的有效方法.
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