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深层培养也称为深层发酵或液体培养，是将纯种微生物接种于含有适当营养成份的灭菌液体培养基内，在一定的温度、气体条件下进行培养，具有生产效率高、周期短、产品均匀等优点，利用食药用菌在培养液中快速生长的特点，改变过去从子实体中提去有益成份的作直接从发酵醪液中提取诸如多糖、氨基酸等代谢产物；或利用深层培养的食药用菌菌丝体或发酵液直接生产饮料类食品或药品，这是当今食药用真菌研究的热点之一。