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自适应均衡器是水声通信克服信道多径衰退、消除码间干扰（ISI）的主要手段。为了在不减少数据传输速率的情况下，有效提高系统的抗多径能力，提出了一种用于水声多载波通信系统的多通道频域自适应均衡算法。利用频域LMS算法，按照最小化频域均方误差的准则调节均衡器，从而获得最优的频域权系数。该算法一方面解决了在频域求得估计误差的问题，另一方面，和采用信道编码的方式相比，在不降低数据传输速率的情况下，有效提高了系统的性能，通过仿真试验和湖试对其性能进行了验证。