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目的：分别探究在临床治疗甲状腺功能亢进症（即甲亢）的过程中使用甲巯咪唑（即MMI）和丙硫氧嘧啶（即PTU）对患者的肝功能造成的影响，并进行对比。方法：选择我院于2014年5月到2015年5月期间就诊的患有甲亢的患者，从中随机抽取160例作为本文的主要研究对象，随机分成实验组和参照组，每组80例。参照组行以MMI，实验组行以PTU，对比分析用药后的效果。结果：两组患者用药后肝损伤概率实验组（22.5%）高于参照组（8.75%），P＜0.05，存在统计学的意义；但是相对的，参照组出现肝损伤的时间（21.67±9.57）天，实验组（42.54±25.87）天，P＜0.05，存在统计学的意义。结论：在临床治疗甲亢的过程中，使用丙硫氧嘧啶对患者的肝功能造成的影响要大于甲巯咪唑，但是甲巯咪唑造成肝损伤的时间要比丙硫氧嘧啶早。