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根据磁异常的分布特征，冲绳海槽北段可以分成三个异常区：东海陆架边缘异常区、东海陆坡异常区和冲绳海槽北段异常区。在东海陆架边缘区，磁异常以正为主，最大可达＋ ３５０ｎＴ，该区所对应的磁性基底埋深较浅，一般在２～３ｋｍ 。在东海陆坡异常区，除了有ＮＮＥ向展布的负异常外，在此背景上还发育了一些沿ＮＷＷ 向展布的次级异常，推测本异常区的磁异常与ＮＷ 向的基底断裂有关。冲绳海槽北段异常区所在宽缓负异常的大背景下又有几处正异常条带分布，则是在吐噶喇断裂带控制作用下所产生的磁性较强而又不均匀的火成岩体的反应