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[目的]筛选最佳的稻瘟菌SSR—PCR反应体系。[方法]利用正交设计对稻瘟菌SSR—PCR反应体系中的5个因素（TaqDNA聚合酶、Mg2＋、模板DNA、dNTP、引物）在4个水平上进行优化试验，筛选出各反应因素的最佳水平并进行退火温度梯度试验筛选最佳的退火温度。[结果]稻瘟菌SSR-PCR反应的最佳体系为：反应总体积为20μl，raqDNA聚合酶1．0U，Mg^2＋ 2．0mmol／L，DNA100ng，dNTP50la,mol／L，引物（ms355～356）0．4μmol/L，最佳退火温度为58．5℃