乳油木叶绿体基因组密码子偏好性分析

• 作 者: 原晓龙 李云琴 张劲峰 王毅
• 机 构: 云南省林业科学院,云南省森林植物培育与开发利用重点实验室,国家林业局云南珍稀濒特森林植物保护和繁育重点实验室,昆明,650201
• 出 处: 分子植物育种
• 发表日期: 2020年17期
• 关键词: 乳油木(Vitellaria paradoxa) 叶绿体基因组 密码子偏好性 突变

为了解乳油木叶绿体基因组密码子的使用模式,该研究以从乳油木叶绿体基因组中筛选得到53条长度大于300 bp且非重复的CDS (Coding DNA sequence)序列为材料,利用Codon W 1.4.2和在线软件CUSP分析其密码子偏好性.结果 显示,密码子第3位GC含量为27.47％,ENC范围在36.31～56.88,平均值为42.98.RSCU值大于1的密码子有28个,其中27个以A或U为结尾.中性绘图分析、ENC-plot分析和PR2-plot分析的结果显示乳油木叶绿体基因密码子偏好性主要受突变的影响.最优密码子为GGA、GAU、CAU和UUG.本研究结果为提高异源基因表达水平、改良乳油木重要经济性状等提供参考依据.