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高等学校内部运行机制和高等学校管理体制的关系问题是高等教育管理中的重大理论和现实问题。但目前研究不多亦不深入。笔者就此问题进行了系统的理论分析，指出二者之间是一种相互影响、彼此制约、互相转化、复杂多变的关系。文中着重阐明了高等学校内部运行机制和管理体制的核心是高等学校管理主体，以及高等学校管理体制是高等学校内部运行机制的有机组成部分等观点。