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目的 探究结核分枝杆菌中利福平和异烟肼耐药基因突变谱的分布,为研发更为精准的耐药分子诊断技术和临床决策提供依据.方法 收集国家耐药监测点新疆维吾尔自治区柯坪县、岳普湖县和疏勒县193株和湖南省怀化市、永顺县、祁东县、桃江县和耒阳市592株结核分枝杆菌.采用微孔板法测定菌株的最小抑菌浓度(minimum inhibitory concentration,MIC).根据药物敏感性试验(简称“药敏试验”)结果选取利福平和异烟肼耐药菌株,经CTAB/NaCl法提取核酸后进行全基因组测序(whole genome sequencing,WGS),将所得基因组原始序列过滤后上传至TBprofiler分析工具以确定耐药基因型.结果 785株结核分枝杆菌中,124株(15.80％)为利福平和(或)异烟肼耐药,包括利福平耐药74株,异烟肼耐药111株,耐多药61株(7.77％).97.22％(70/72)利福平耐药菌株检测出rpoB基因位点突变,其中98.57％(69/70)的突变位于利福平耐药决定区(RRDR),1株检测出RRDR区以外的与利福平耐药相关的罕见突变I491F.利福平耐药突变主要位于rpoB 450、rpoB 445及rpoB 435密码子,占81.43％(57/70),其中rpoB S450L突变出现的频率最高(45.71％,32/70),rpoB 450位点突变对应高浓度利福平耐药(MIC≥16 μg/ml),rpoB 452位点突变主要对应低浓度利福平耐药(MIC=2 pg/ml).93.58％(102/109)的异烟肼耐药菌株存在耐药相关基因突变,85.29％(87/102)的异烟肼突变位于katG 315及fabG1启动子区,katG S315T为最常见的耐药突变(57.84％,59/102),主要对应高浓度异烟肼耐药(MIC≥2 μg/ml),其次为fabG1(C15T)(16.67％,17/102),主要对应低浓度异烟肼耐药(MIC=0.25～1.00 μg/ml).结论 不同耐药基因突变导致的结核分枝杆菌耐药水平不同.对于利福平,rpoB 452位点突变对应低浓度耐药,rpoB445和450位点突变对应高浓度耐药;对于异烟肼,发病fabGl-15突变对应低浓度耐药,katG315突变对应高浓度耐药.