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北京大学第三医院坐落于北京大学医学部大院内，北医三院中心实验室与北京大学基础医学院、北京大学药学院仅一栏之隔。北医三院中心实验室成立于1983年，是北医三院重要的实验技术平台和人才培训基地，实验研究涵盖了分子生物学、细胞生物学、病理学、代谢组学、生物信息学、生物标本库和基因检测等7个方面。实验室以特色实验技术服务项目为切入点，与临床科室之间相互联系、渗透结合，共同创建多学科、开放式的服务平台，为医院的临床和教学发展提供了多功能、全方位的服务和强有力的技术支撑。