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传统行波极性比较式纵联保护可靠性受小故障初始角等因素影响较大。为提高行波纵联保护的可靠性，在分析线路两端电压和电流极性关系的基础上，提出一种新的极性比较式纵联保护算法。该保护算法利用故障后一段时间内故障电压和故障电流的 S 变换能量相对熵表征极性关系，进而根据线路两端S变换能量相对熵的比值来识别区内外故障。区内故障时，线路两端电压和电流的能量相对熵相差不大，其比值较小；区外故障时，线路两侧电压和电流能量相对熵差异明显，比值较大。基于PSCAD/EMTDC的仿真结果表明，该保护方案能够快速可靠地确定区内外故障，其性能不受故障初始角、过渡电阻、故障位置、故障类型和母线接线方式的影响。