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在聚丙烯酰胺凝胶染色时，考马斯蓝常常沉淀于凝胶表面，从而影响对较弱显色带的检测，而且不美观。在染色完成后，将凝胶用100％（v／v）甲醇溶液处理1min，然后放入脱色液或蒸馏水中，此间轻轻摇动，可有效地降低染色背景。通过对照试验证明此法甚为有效。乙醇、丙酮与甲醇有同等之脱色效果，异丙醇稍差。5～20g／dl的聚丙烯酰胺凝胶经甲醇处理5min不会造成损坏。