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Ｙ染色体ＤＮＡ多态可以用于追溯进化上的父系祖先及进行其它研究。但是在这一领域的进展很慢，主要是由于很难找到合适的标记。现在可以使用选择其进化绥慢的多态，勾画出Ｙ染色体进化树，而进化快的多态可以直接区分独立的Ｙ染色体。不同人群通常具有特征性不同的Ｙ染色体，因此Ｙ染色体的研究对于我们现代人类的起源问题将作出巨大贡献。