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1913年9月，工商部设地质研究所。10月1日，地质研究所在北京马神庙北京大学内开学，这是一个培养地质调查人才的教育机构，录取学生30人。地质调查所所长丁文江兼任地质研究所所长。1914年1月，由章鸿钊接任所长。翁文灏回国后．任地质研究所讲师。“以中国之人，人中国之校，从中国之师范，以研究中国之地质者，实自兹始。”在三年的学习中，所长章鸿钊主讲矿物学和地史学，丁文江讲授古生物学和地文学，翁文灏承担的课程最多，有普通地质学、矿物岩石学、矿床学等等。同时开设多门专业基础课，由北京大学教师和矿政司的官员任教。