柔嫩艾美尔球虫EST序列中SSR的获取及分析

• 作 者: 聂奎 罗洪林 程显顺 苟清碧
• 机 构: 西南大学动物科技学院,西南科技大学生命科学与工程学院
• 出 处: 生物信息学
• 发表日期: 2009年1期
• 关键词: 柔嫩艾美尔球虫 表达序列标签 简单重复序列或微卫星 Eimeria tenella Expressed sequence tags（ ESTs） Micro

对柔嫩艾美尔球虫EST—SSR进行生物信息学分析，共获取Eimeria tenella EST序列34074条，总长度为16．45Mb，小于12bpSSR的ESTs达7651条，从中获得SSR序列19576条、总长度为0．35Mb，EST—SSRs的频率是48．00％，平均相隔S40bp出现一个长度不小于12bp的SSR。在E．tenella的核苷酸重复基元中，2、3、4、5、6和7bp重复序列在基因组中出现的种类分别有11种472条、49种14710条、31种525条、13种25条、21种43条和15种