【摘 要】
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为了开发虎耳草属基因组SSR分子标记,该研究基于Illumina Mi Seq高通量测序平台对虎耳草属植物混合样本进行基因组测序,利用MISA程序识别和定位SSR位点,利用Primer 3软件对搜
【机 构】
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江西中医药大学中药资源与民族药研究中心;
【基金项目】
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国家自然科学基金项目(81360675)
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为了开发虎耳草属基因组SSR分子标记,该研究基于Illumina Mi Seq高通量测序平台对虎耳草属植物混合样本进行基因组测序,利用MISA程序识别和定位SSR位点,利用Primer 3软件对搜索到的SSR位点两端设计引物。随机合成120对引物进行多态性引物筛选,再从多态性引物中选取易扩增、多态性高的引物,对25种虎耳草属植物基因组进行扩增,检测引物的通用性,并进行UPGMA聚类分析。结果显示,在测序拼接后获得的1 881 979条序列中,共搜索到587 256个SSR。针对2~6个核苷酸为重复基元的SSR位点设计引物,经过逐级筛选,获得17对多态性高、容易扩增的引物,在25种虎耳草属样品中共扩增出2 687个多态性条带,每对引物扩增的多态性条带平均为158个,通用率为88.0%~100%。利用开发的SSR标记对虎耳草属25种植物进行聚类分析,物种间关系与根据传统形态学特征分类的结果存在差异。本研究为虎耳草属植物分类学关系提供了分子证据,所开发的SSR引物具有较高的种间通用性和多态性,为研究该属植物的遗传多样性奠定了基础。
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