基于SLAF测序分析3个塔形马蹄螺群体的遗传结构和多样性

• 作 者: 黄景 欧泽奎 刘文广 何毛贤
• 机 构: 中国科学院南海海洋研究所,中国科学院大学
• 出 处: 热带海洋学报
• 发表日期: 2020年5期
• 关键词: 特异性位点扩增片段 塔形马蹄螺(Tectus pyramis) 遗传结构 种质资源 specific locus amplified fragment sequ
• 基金项目: Strategic Priority Research Program of the Chinese Academy of Sciences(XDA13020206),Innovation Academy of South China Sea Ecology and Environmental,Engineering,Chinese Academy of Sciences(ISEE2018PY03

塔形马蹄螺(Tectus pyramis),海洋软体动物,广泛分布于中国深圳大鹏湾、海南岛、西沙和南沙群岛的珊瑚礁生态系统中。文章采用特异性位点扩增片段简化基因组测序技术(SLAF-seq)对来自深圳(SZ)、三亚(SY)和西沙(XS)的塔形马蹄螺群体的遗传多样性和结构进行分析。通过测序共获得115.74Mb读长数据,平均测序深度为337.87倍,测序质量值(Q30)平均为94.07%。研究获得118679个多态性SLAF标签,获得846502个高度一致的群体单核苷酸多态性位点(SNPs),其中有155个