加权重基因共表达网络分析识别慢性肾脏病足细胞损伤关键节点基因MAGI2

• 作 者: 王万鹏 唐伯玉 沈剑箫 李永刚 蒯巧林 高甄典 李娟 梁森林
• 机 构: 江苏省涟水县人民医院,上海交通大学医学院附属仁济医院
• 出 处: 中国现代医学杂志
• 发表日期: 2018年24期
• 关键词: 生物信息学 加权基因共表达网络分析 慢性肾脏病 足细胞 膜相关鸟苷酸激酶转化蛋白2 bioinformatics weighted gene co-expres
• 基金项目: 国家自然科学基金青年科学基金项目（No：81600549,8170030521）,淮安市自然科学研究计划（No：HAB201737）

目的 通过加权基因共表达网络分析（WGCNA）识别慢性肾脏病（CKD）足细胞损伤相关的基因模块与关键基因。方法 从基因表达综合数据库（GEO）中下载包含足细胞损伤体外模型及CKD患者肾小球组份的表达谱GSE66107、GSE93798、GSE30528、GSE32591 4个数据集。利用R软件包做数据预处理并选取错误发现率（FDR）〈0.05及差异倍数≥1.5作为差异表达基因（DEG）;结合数据集GSE993395（133例CKD患者肾小球样本）用WGCNA进行模块化分析并对模块内基因进行功能注释（GO）