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目的了解合肥市农村留守儿童国家免疫规划（NIP）疫苗的接种现状及影响因素。方法采用容量比例概率抽样法,选择5个县（市）、30个农村行政村的0-6岁留守儿童与非留守儿童各300名,调查NIP疫苗的合格与及时接种率,采用Logistic回归分析留守儿童的接种影响因素。结果留守儿童与非留守儿童卡介苗（BCG）、首剂乙型肝炎疫苗（HepB1）、3剂次HepB(HepB1-3)、3剂次脊髓灰质炎减毒活疫苗（OPV1-3）、3剂次无细胞百白破联合疫苗(DTaP1-3)、首剂含麻疹成分疫苗（MCV1）及时接种率分别为62.0%vs 66.7%、91.0%vs 99.0%、75.7%vs79.3%、66.4%vs 66.6%、66.3%vs 61.3%、74.0%vs 72.8%;OPV1-3、DTaP1-3、MCV1、2剂次A群脑膜炎球菌多糖疫苗(MPV-A1-2)、首剂乙型脑炎减毒活疫苗（JEV-L1）、首剂甲型肝炎减毒活疫苗（HepA-L1）合格接种率分别为98.0%vs 98.0%、97.0%vs 95.0%、96.6%vs 96.1%、80.9%vs 77.6%、91.5%vs 87.3%、89.6%vs 87.7%;第4剂OPV（OPV4）、第2剂MCV（MCV2）、第4剂DTaP（DTa P4）、首剂A群C群脑膜炎球菌多糖疫苗（MPV-AC1）、第2剂MPV-AC（MPV-AC2）、第2剂JEV-L（JEV-L2）合格接种率分别为92.9%vs 96.2%、95.7%vs 91.6%、94.2%vs93.7%、64.2%vs 94.0%、93.8%vs 82.6%、96.4%vs 93.6%。Logistic回归分析显示,年龄越小、女性、家庭收入较低或较高、父亲文化程度高等因素有利于留守儿童的合格接种。结论合肥市农村留守儿童预防接种总体上不差于非留守儿童;需加强部分留守儿童的疫苗合格接种。