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区域创新系统是具有多个创新主体和交互网络结构并进行创新行为的复杂系统，具有复杂系统的基本特征。为此，文章突破了传统的研究思路，运用熵理论以及耗散结构理论，对区域创新系统运行状态进行了综合评价研究。文章重点探讨了区域创新系统的熵增原理、系统耗散结构的形成模型以及区域创新系统的熵值评估法，并以长春区域创新系统为例，对其研究结论进行了验证，为区域创新系统的研究提供了一种崭新的研究思路。