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目的：对青南藏区流行的多房棘球绦虫基因多态性及系统发育进行初步分析。方法利用线粒体 DNA 细胞色素氧化酶亚单位Ⅰ（COX Ⅰ）行分子标记，以 COX Ⅰ为基因 marker 设计引物扩增 COX Ⅰ部分基因序列，将得到的11条碱基序列通过 Clustal X 软件进行多重序列分析比对，与13条来自 GenBank 的棘球绦虫 COX Ⅰ序列共同构建贝叶斯进化树。结果用于分析的标本序列与来源于亚洲的中国（四川，内蒙古）、哈萨克斯坦和欧洲的法国、斯洛伐克的多房棘球绦虫型聚于一枝，位于发育树的冠部，并在这一枝内部形成梳齿状分支。结论流行于青南藏区的多房棘球蚴标本存在基因多态性，其系统发育复杂。