【摘 要】
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目的 用权重基因共表达网络分析(WGCNA)方法筛选新生儿脓毒症无休克和休克关键基因.方法 从基因表达数据库(GEO)下载新生儿脓毒症相关的表达矩阵GSE119217,WGCNA输出模块基因,Limma包筛选新生儿脓毒症无休克和休克差异表达基因(DEG),进行基因本体(GO)和KEGG分析;确定并检测关键(hub)基因水平.结果 用WGCNA方法确定与脓毒症无休克患儿显著相关的棕色模块和与脓毒症休克患儿显著相关的黄色模块;脓毒症无休克患儿的41个DEG和脓毒症休克患儿的109个DEG主要富集于中性粒细胞脱
【机 构】
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南方医科大学附属小榄医院检验科,广东中山510515
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目的 用权重基因共表达网络分析(WGCNA)方法筛选新生儿脓毒症无休克和休克关键基因.方法 从基因表达数据库(GEO)下载新生儿脓毒症相关的表达矩阵GSE119217,WGCNA输出模块基因,Limma包筛选新生儿脓毒症无休克和休克差异表达基因(DEG),进行基因本体(GO)和KEGG分析;确定并检测关键(hub)基因水平.结果 用WGCNA方法确定与脓毒症无休克患儿显著相关的棕色模块和与脓毒症休克患儿显著相关的黄色模块;脓毒症无休克患儿的41个DEG和脓毒症休克患儿的109个DEG主要富集于中性粒细胞脱粒,中性粒细胞活化参与的免疫反应和中性粒细胞激活等反应,参与调控NOD样受体信号通路;实时定量PCR(qRT-PCR)结果表明,脓毒症无休克患儿8个hub基因(AIM2、CARD17、CMPK2、IFI44、IFI44L、LAP3、RTP4和SERPING1)和脓毒症休克患儿2个hub基因(AHSP和HBD)均高表达.结论 基于生物学信息学分析,确定了脓毒症有、无休克患儿hub基因的表达水平,明确了中性粒细胞在脓毒症中的重要调控作用.
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