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利用1998-2006年间中国制造业的相关数据，采用回归方法研究了企业和科研机构的合作创新效应。研究发现：从行业层面来看，目前中国企业和科研机构的合作研发经费投入对创新的技术产出和经济产出的影响存在着滞后效应，并且这一影响显著为负。导致这一现象的主要原因在于目前的合作创新中存在着诸多问题，制约了合作创新效应的释放。完善合作创新机制是加快科技创新速度、提高自主创新能力的有效途径。