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西番莲（Passiflora spp.）是中国南方重要的果树，其种间进化关系尚不清楚，且缺乏通用性分子标记。本研究基于酶切位点相关DNA测序（restriction site-associated DNA sequencing, RAD-seq）技术对西番莲属6个种共10份种质的系统进化、SSR位点及标记通用性进行了研究。结果表明：Eco RⅠ是西番莲基因组简化测序较为适应的酶；依据剩余读长数/读长数，以’紫果7号’（P. edulis）（P4）的部分组装序列为参考基因组，利用检测到的46 451个高质量SNPs构建系统发生树，结果显示，蓝冠西番莲（P. caerulea）（P6）、红花西番莲（P. coccinea）（P7）、版纳西番莲（P. xishuangbannaensis）（P8）和大果西番莲（P. quadragularis）（P9）为一支，绿皮百香果（P. edulis）（P5）和哥伦比亚激情果（P. ligularis）（P10）为一支，金陵紫果（P. edulis）（P1）、芭乐味黄金果（P. edulis var. flavicarpa）（P2）、云南黄果原生种（P. edulis var. flavicarpa）（P3）和’紫果7号’在亲缘关系上更近；以版纳西番莲为参考基因组，利用12 452个高质量SNPs构建系统发生树，云南黄果原生种、’紫果7号’、红花西番莲、版纳西番莲、大果西番莲和哥伦比亚激情果都单独为一支，金陵紫果和芭乐味黄金果聚为一支，绿皮百香果和蓝冠西番莲聚为一支；在10份西番莲种质的基因组中共鉴定到2 614个SSR，其核心基序为AT、GA和AAG等2～6个碱基，重复数为4～16次，并成功开发了2 515对SSR引物；利用50对SSR标记评估西番莲各种质间的标记通用率为54.22%，栽培种西番莲（P1～P5）明显高于其他5个种属（P6～P10），而中国云南野生种版纳西番莲的通用率为0，推测是由于版纳西番莲与其他种质的亲缘关系较远，基因组序列上存在着较大的差异。本研究明确了不同种西番莲间的亲缘关系，为西番莲遗传改良提供理论依据，为西番莲分子标记辅助选择育种提供实用的SSR标记。